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O Setor Vigilância Epidemiólogica tem como atribuição o exercício de atividades de vigilância, prevenção e controle de doenças e promoção da saúde, desenvolvidas em conformidade com as diretrizes do SUS para o controle das arboviroses (doenças causadas pelos chamados arbovírus, que incluem o vírus da dengue, Zika vírus, Febre Chikungunya e Febre Amarela). A classificação "arbovírus" engloba todos aqueles transmitidos por artrópodes hematófagos, como o Aedes aegypti.

O trabalho desenvolvido pela equipe de servidores do setor tem como premissa básica descobrir focos, destruir e evitar a formação de criadouros, impedir a reprodução de focos, vistoria de residências, depósitos, terrenos baldios, estabelecimentos comerciais para buscar focos endêmicos, aplicação de larvicidas e inseticidas para controle do Aedes aegypti, essas atividades são fundamentais para prevenir e controlar doenças.